Hệ thống HIS nguồn mở có các công cụ phục vụ công tác hạch toán tài chính của bệnh viện như:
- Quản lý danh sách chi phí nội bộ
- Quản lý danh sách chi theo kỳ tài chính
- Quản lý danh sách doanh thu theo kỳ tài chính
- Kết chuyển doanh thu
- Chốt kỳ tài chính
- Theo dõi các khoản tăng giảm trong kỳ tài chính
Ngoài ra, hệ thống có một số chức năng quản lý khác như:
- Quản lý tính công và phụ cấp phẫu thuật thủ thuật
- Quản lý vật tư tiêu hao
- Quản lý các gói và trần các gói vật tư
